Die Bodenwöhrer Senke ist der einzige Teil des Naturparkes, der zur Kreidezeit, vor 80 Millionen Jahren, vom sog. Tetys-Meer bedeckt wurde. Daher findet sich in diesem Bereich eine mächtige Schicht aus marinen Sedimenten in Form von nährstoffarmen Sanden, welche die Gesteine des Grundgebirges aus Gneis und Granit überlagern.
Diese Ablagerungen werden zum Abbau von Sanden genutzt. Im Bereich von Wackersdorf wurde Braunkohle im Tagebau abgebaut. Eine weitere wichtige Bedeutung hat die Teichwirtschaft. Unzählige Teiche und Weiher reihen sich im Gebiet der Bodenwöhrer Senke aneinander, die mittlerweile von Seen aus gefluteten Braunkohlegruben ergänzt werden. In diesen Bereichen finden sich zahlreiche Pflanzen und Tiere, die auf Stillgewässer, Röhricht- und Verlandungszonen angewiesen sind. Im Bereich des Naturparkes nimmt dabei der Neubäuer Weiher, der zum Teil als Naturschutzgebiet ausgewiesen wurde, eine landesweit bedeutende Rolle ein. Kennzeichnend für das Bild dieser Landschaft sind auch die ausgedehnten Waldungen, die hauptsächlich aus Kiefernbeständen bestehen. Auf den größtenteils armen Sanden haben sich besondere Pflanzengesellschaften gebildet, wie der Sand-Flechten-Kiefern-Wald.